Sorte de banque électronique, le registre permet d’identifier les propriétaires des quotas en circulation, de réaliser des transactions et la restitution de quotas ou crédits en fonction des émissions vérifiées. Il intervient également lors de l’allocation des quotas gratuits.
Depuis le 1er janvier 2005, chaque Etat membre doit tenir un registre national. En 2012, les registres nationaux ont été intégrés dans le registre européen. Si la Commission européenne est désormais en charge du matériel et du logiciel du registre, les administrateurs de registres nationaux continuent à assurer la gestion administrative et les contacts avec les détenteurs de compte.
Pour participer à l’ETS, une entreprise ou une personne physique doit ouvrir un compte. Les demandes sont introduites auprès d’un Administrateur du registre national.
En Belgique, c’est le service public fédéral Santé publique, Sécurité de la chaîne alimentaire et Environnement qui est en charge du registre belge. Un site spécialement dédié au sujet a été crée : http://www.climateregistry.be/.