Les retours de l’ammoniac à la biosphère se font sous forme sèche ou humide, soit à proximité du lieu d’émission, soit après avoir parcouru de longues distances notamment pour l’ammonium dont le temps de résidence dans l’air est plus long que celui de l’ammoniac. Ces retombées ont diverses conséquences.

• Effets sur la santé : L’ammoniac est un gaz irritant pouvant être incriminé dans l’apparition de certaines maladies (asthme, bronchites chroniques), en particulier chez les éleveurs qui sont exposés à ce composé de façon chronique. En effet, c’est dans certaines exploitations agricoles que d’importantes concentrations en ammoniac sont le plus fréquemment rencontrées. La mauvaise qualité de l’air (odeurs piquantes, atmosphère chargée en gaz, poussières, bactéries et endotoxines) des bâtiments d’élevage rend non seulement les conditions de travail difficiles, mais peut aussi avoir un impact important sur la santé du personnel. Des études épidémiologiques ont ainsi mis en évidence des corrélations entre le taux de contamination de l’air et la fréquence des pneumopathies chez les travailleurs. Les bronchites chroniques, l’asthme, la fibrose pulmonaire, les affections des voies aériennes supérieures constituent la majorité des maladies respiratoires professionnelles des éleveurs.

Au Danemark, une étude épidémiologique montre qu’en dehors de l’influence de l’âge et du fait que l’éleveur fume ou non, les éleveurs de porcs sont les plus touchés par l’asthme et les bronchites chroniques. Parmi les facteurs responsables, des gaz tels que l’ammoniac ont été incriminés.

• Effets sur les écosystèmes : Les principaux effets de l’émission d’ammoniac sur les écosystèmes vont se manifester via :
• les retombées sur les plantes qui entraînent un déséquilibre dans leur alimentation et une augmentation de leur fragilité vis-à-vis d’autres facteurs secondaires de stress ;
• la participation de l’ammoniac au phénomène d’acidification des milieux naturels qui participe au dépérissement des forêts ;
• les retombées atmosphériques en composés azotés qui contribuent aux phénomènes d’eutrophisation. Ce phénomène crée un déséquilibre nutritif en favorisant certaines espèces végétales dominantes. Il en résulte un appauvrissement de la biodiversité tant végétale qu’animale ; 
• Effets sur les biens et sur l’économie : Les principaux effets de l’émission d’ammoniac sur les biens et l’économie vont se manifester via :
• sa participation au phénomène de formation des pluies acides qui réduisent les rendements agricoles et sylvicoles et entraînent la dégradation de certains types de pierres de construction.
• la diminution des performances zootechniques des animaux qui respirent ce gaz. 

En outre l’ammoniac est un important précurseur de la formation de particules secondaires, principalement par réaction avec les oxydes d’azote pour former des particules de nitrate d’ammonium. Ceci renforce donc encore son effet négatif sur la santé.